Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren sebagaimana dimaksud dalam Pasal 497 mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi dibidang pendidikan diniyah dan pondok pesantren.
Penerbitan Izin Operasional Madrasah Diniyah Takmiliyah
Penerbitan tanda daftar Lembaga Pendidikan Al-Quran (LPQ)
Pendaftaran Taman Pendidikan Al-Quran (TPQ)
Surat Pengatar Ijin Belajar Luar Negeri
Surat Pengantar Ijin Tinggal Terbatas Santri Luar Negeri
